I più antichi reperti di barriere coralline risalgono a circa 500 milioni di anni fa. A quel tempo, sino ad una latitudine di 40-45 gradi Nord e Sud si potevano trovare acque con una temperatura media di 20 °C. Nel Paleozoico (560-290 milioni di anni fa) le barriere coralline occupavano una superficie di 5 milioni di chilometri quadrati e avevano un tasso di crescita verticale elevatissimo (sino a 200 m per milione di anni). Circa 360 milioni di anni fa, per un periodo durato circa 4 milioni di anni, le barriere coralline si ridussero a 1.000 chilometri quadrati, sparendo quasi dappertutto. Le cause di questo cambiamento furono la diminuzione di temperatura della Terra e la collisione dell’antico supercontinente Gondwana con lo scudo nordamericano, da cui derivò un cambiamento delle correnti marine. Da allora i movimenti della crosta terrestre e le variazioni climatiche hanno continuato ad influenzare, alternativamente, la crescita e la distruzione delle barriere. Nel Mesozoico (circa 260 milioni di anni) si formò un mare nuovo, la Tetide, esteso da est verso ovest, che univa fra loro l’Atlantico, il Mediterraneo, l’Oceano Indiano e il Pacifico e questo cambiamento portò ad un nuovo sviluppo dei reef. Il Mediterraneo, un mare oggi assolutamente privo di barriera corallina, allora era il mare più ricco di coralli; vi vivevano 65 generi contro i circa 30 presenti attualmente nell’intero Atlantico. Verso la fine del Terziario (25 milioni di anni fa), la Tetide si divise a causa della deriva dei continenti e sorsero gli attuali oceani, con conseguenze sulla distribuzione dei reef nel mondo. Le costruzioni madreporiche si spostarono verso la regione indo-malese, dopo che la Tetide mediterranea si chiuse, e l’India si spostò verso l’Asia. Nel Pliocene (11-14 milioni di anni fa) rimasero isolate dall’Indo-Pacifico anche le barriere coralline dell’Atlantico occidentale a causa della comparsa delle terre destinate a diventare in seguito l’America centrale. In questa era nacquero le due principali regioni coralline, tutt’oggi esistenti: quella caraibica e quella indo-pacifica.
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